장해 관련 질문드립니다.

2008.4.3. ''선행차량 후미추돌''사고를 내고
45일 정도 일주일에 두번씩 통원치료를 받던중
회사사정으로 한달 정도 다니지 못했었습니다.
그러다가 타보험 보상문제로 ''사고처리현황''에 접속해 보니
저의 신체사고 보상이 종결되어 있더군요
상담전화 로 전화해 보니 담당자와 직접 통화하라 하셨는데
제가 사고를 낸 사람이라 염치도 없고, 회사일도 바쁘다보니 잠시 잊고 있었습니다.
저는 차량에 대해선 합의통화를 했으나, 신체보상에 대해선 아무런 합의통화와 서명도 한적이 없습니다.
당시엔 서로 바빠서 그런가 보다하고, 또 다른 규정상 그렇게 처리되었는가 하고 그냥 넘어가고
한의원 진료를 자비로 한참동안 받았습니다
그러다가 얼마전 수술을 해야 한다는 진단을 받았습니다.
사고가 난 직후에도 수술 이야기는 들었지만 의사선생님께서 일단은 통원치료를 해보자고 하셔서
그냥 물리치료만 받았는데 갈수록 상황이 악화되어 견딜수 없기에 2009.3.31 수술을 받고 요양중입니다.

 이런 상황에서 교통사고에 대한 후유장애보상등 자동차보험을 통해 보상을 받을수 있는지요?
보험사에서는 종합병원에서 발급하는 후유장애진단서를 가지고 다음주중에 방문하여 신청하라고 하는데,
수술 직후이고, 타 병원의 수술 내용으로 진단이 제대로 나올지도 의문입니다. 

참고로,  수술 담당하신 의사선생님께선 장해진단서는 발급이 안되고,
일반 진단서에 30~40%의 사고기여도가 있다고 적어주셨습니다.

두서없는 글 읽어주셔서 감사합니다.
단지, 아무런 사전 지식도 없이 '좋은게 좋은거' 라며 흐리멍텅하게 살다가
갑자기 수술까지 하게 되어 좀 억울하고 황당한 생각이 들어 이렇게 질문드립니다.